Ambientada a la ciutat de Barcelona de mitjan segle XIX, L'ànima de l'assassí teixeix una trama entre la resolució d'un crim esdevingut en el si d'una família benestant i les vivències de diversos personatges hist.rics vinculats a la medicina, la política, la religió i la filosofia. Al bell mig de tot plegat, el científic Mariano Cubí i Soler mirarà de demostrar que la Frenologia és determinant a l'hora de resoldre l'autoria de l'assassinat mitjançant l'estudi de "la propensió animal a destruir, matar, exterminar i inferir càstig" dels éssers humans, o el que és el mateix: "l'instint assassí dels criminals."